ダムによって谷に水がせき止められると、新しい湖の底の植物は腐ってしまいます。植物に貯蔵されている炭素の大部分は二酸化炭素として放出されます。その後、残った植物材料は酸素の不在下でさらに分解されます。これにより、二酸化炭素よりも大気に対して何倍も有害な温室効果ガスであるメタンが生成されます。水が巨大なタービンを通過すると、メタンが空気中に放出されます。
このメカニズムはすでに知られています。しかし、水力発電が環境に及ぼす影響の範囲は現在、政治的影響をもたらすほど大きいと専門家によって推定されている。気候変動に関する政府間パネル（IPCC）も、今後の気候において人工的にせき止められた水によって引き起こされる排出量を考慮に入れたいと考えている。国の温室効果ガス排出に関する議論。
「排出量は貯留層ごとに異なります」とマナウスのブラジルアマゾン研究所のフィリップ・ファーンサイド氏はニューサイエンティストに説明する。 「しかし、深刻に懸念すべきことは十分にあります。」たとえば、研究者は、1990 年だけでも、ブラジルのクルア・ウナ貯水池からの温室効果ガス排出量は、石油から発電された場合に発生する温室効果ガスの 3.5 倍だったと推定しています。しかし、寒い国では温室効果ガスの生産量は少ないとファーンサイド氏は説明する。
