研究者らは、遺伝子研究を利用してミツバチに微生物、ウイルス、真菌が存在する可能性があるか調べたところ、2004年にイスラエルで発見されたIAPVと呼ばれるウイルスに遭遇した。研究者らは、大量絶滅の影響を受けたコロニー30個のうち25個でウイルスを発見したが、健康な動物がいるコロニー21個のうちの1個だけでウイルスを発見した。このウイルスは昆虫に麻痺を引き起こし、通常は巣の外で昆虫を死に至らしめます。大量絶滅の影響を受けた養蜂家も同様のことを観察している。成鳥が飛行から戻らず、雛、幼獣、花粉を巣に残したままだ。
研究者らはその結果から、ウイルスが大量絶滅の引き金となる可能性があると結論づけた。しかし、この現象には他のストレス要因も関与しているはずだと、関与した科学者の一人、ジェフリー・ペティス氏は強調する。栄養失調、殺虫剤、寄生ダニの使用などが考えられます。しかし、他の作業グループの研究者らは、科学者たちが自分たちの仮説が正しい方向に進んでいるのかどうかについて懐疑的である：IAPVの感染が原因ではなく、謎の大量絶滅のいくつかの症状の1つにすぎない可能性がある、とスウェーデンの昆虫学者は信じているたとえば、ジョアヒム・デ・ミランダ。
ウイルスはオーストラリアから輸入された可能性が高い。アメリカの養蜂家は2005年以来、オーストラリアから数百万ドル相当のミツバチを輸入している。コックスフォスター率いる研究者らの研究によると、オーストラリアのミツバチの大部分はIAPVに感染している。しかし、太平洋を越えた大陸自体では大量絶滅はまだ起こっていません。これはオーストラリアのミツバチの生活環境の違いに関係している可能性がある、と研究者らは説明している。彼らは現在、どのような要因の組み合わせが動物の死につながるのかを調べる一連の実験を実施したいと考えている。
