脊椎動物のグループでこれほど異なって見えるものはほとんどありません。不器用で地に足が着いて硬い鎧を着ているものもあれば、機敏で軽く、風通しの良い羽毛に包まれているものもあります。しかし、カメと鳥は密接な関係にあります。このことは、理化学研究所発生生物学研究センターの入江直樹氏が主導する遺伝子研究によって明らかに証明された。
正確な関係については、進化生物学者の間で議論の余地がある。多くの人はカメを特に原始的な爬虫類であると考えていました。今、教科書と脊椎動物の進化系図を書き直す必要がある。約 2 億 8,000 万年前、恐竜、鳥、ワニ、カメの祖先である古代の爬虫類から新しいグループの脊椎動物が発達しました。約 2,000 万年から 3,000 万年後、おそらくペルム紀末の大大量絶滅の時期に、古代のカメが出現しました。その時期には、すべての陸上動物種の 80 パーセントが絶滅しました。
生物学者が脊椎動物の再分類をどのように決定するかは不明である。彼らは「爬虫類」という名前をそのままにして、この分類を鳥類も含めるように拡大するか、「扁平爬虫類」（ヘビ、トカゲ）と「竜類の近縁種」（カメ、ワニ、鳥）という2つの新しい分類を作成するかのどちらかです。恐竜の親戚には絶滅した恐竜も含まれるでしょう。
